O nome Fernão Joanes, terá surgido a partir de um pequeno núcleo de casas ou de uma quinta na tutela de um senhorio \ povoador, muito provavelmente chamado Fernão Joanes ou Fernão João, no fim do séc. XII, início do séc. XIII, há semelhança de muitas outras freguesias que devem o seu nome ao seu senhor ou povoador.

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Porém, a sua origem é muito contraditória e muitas vezes confusa. O local «Eiras», actualmente denominado «aldeia exclusivamente para animais», é o mais inconclusivo relativamente à sua origem. Segundo documentos existentes, mais propriamente do Registo de Igrejas do Reino de 1290, encontramos uma Igreja no bispado da Guarda, denominada "Igreja de São Petrus de Eiras, no lugar de Fernão Joanes", e mais tarde a Igreja de São João Baptista em Fernão Joanes, actual igreja, e sem mais qualquer informação sobre a "Igreja de São Petrus de Eiras". Será que Eiras e Fernão Joanes eram duas povoações, estando a primeira dependente da segunda?... Ou por outro lado, Fernão Joanes era apenas uma povoação na qual a sua Igreja tinha o nome de Eiras?... Será Eiras apenas um nome como outro qualquer, ou seria o nome de uma povoação?.. .São diversas as especulações que poderíamos fazer... Só documentos existentes do séc. XIII poderiam ajudar a compreender esta situação que seria determinante para perceber a origem. Nos finais do séc. XIV e até ao presente a sua história é esclarecedora, não apresentando grandes incógnitas, apenas o facto de o Padroeiro de Fernão Joanes ser São João Baptista e a sua festa religiosas nunca ter sido realizada e a Festa de Nª Sr.ª do Soito ser realizada desde tempos imemoriais.

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A Igreja Matriz situada no centro da aldeia, apresenta actualmente vestígios do séc. XVIII, mas possivelmente já existira há largos dezenas de anos segundo alguns documentos históricos. No seu interior, esta Igreja apresenta diversos altares, destacando-se o altar das almas com uma magnífica pintura, os altares da Srª do Rosário, Imaculada Conceição, Nª Srª de Fátima e o altar Mor, onde ao centro se encontra Sã. João Baptista, padroeiro de Fernão Joanes.



A capela de Nossa Senhora do Soito, situada numa Ermida e a cerca de 2 km da aldeia, existe provavelmente desde o séc. XIV.  No seu interior, quatro pinturas no tecto que representam as quatro estações do ano na aldeia de Fernão Joanes. E um ex-voto (quadro), que lembra a cura operada por intercessão de Nª Sª do Soito a favor de em devoto da Cidade da Guarda, por volta de 1756.

A imagem de Nª Sr.ª do Soito, setecentista e de estilo barroco, permanece todo o ano no seu santuário, excepto na semana que antecede a sua festa que se realiza actualmente no 2º Domingo de Maio. Esta festa, comemora-se desde tempos imemoriais, que no passado se realizava no dia 25 de Março (anterior a 1758), realizando-se actualmente e à já largos anos, por razões inexplicáveis, no o 2º Domingo de Maio.